いたずらっ子のニルスは、怠け者で、勉強なんて大嫌い。いつも動物をいじめてばかりいる。お父さんとお母さんは、こんなニルスが心配でたまらない。今日は日曜日。教会へも行かず、遊んでいたニルスは、妖精を怒らせて、魔法をかけられてしまう。

妖精の魔法で小さくされたニルスは、ふしぎなことに、動物と言葉が交わせるようになった。いじめられていた動物たちは、この時とばかりに、ニルスに仕返しをする。逃げ回るニルスとキャロットは、飛びたい一心で、空に舞い上がったガチョウのモルテンに必死の思いでつかまった。

夜、湖で眠るガンの群れを、キツネのレックスが襲った。ニルスは力いっぱい戦って、ガンの群れを助ける。アッカ隊長は、ニルスの勇気をほめて、モルテンとニルスに、渡り鳥と一緒にラプランドへ行くことを許した。長年の夢がかなったモルテンは大喜び。だが、ニルスの気持ちは…。

ガチョウのモルテンに乗って、大空の旅をするニルスとキャロット。でも、モルテンは相変わらずニルスが嫌いだ。森に泊まった翌日、ニルスは、人間に捕まった母リスを助ける。子リスを優しく励ますニルスの姿を見たモルテンは、ニルスの知恵と勇気に感心する。

野生のガンと一緒に暮らすことになったニルスとキャロット。しかし、ニルスには鳥たちの食べ物は食べられない。魚とりに熱中している子どものビスケットを失敬した。ネズミに間違えられて追われるニルス。助けようとしたモルテンが捕まってしまった。

ガンの群れが、ラプランドへ向かって出発する日が来た。長い旅のために、鳥たちの体力テストが始まる。隊長のアッカの号令で、飛んだり泳いだり。モルテンも挑戦するが、何をやっても落第点。ニルスは応援に汗だくだ。その最中に、メスのガンに危険が迫る。