地球征服を目論むスペースマフィアに対抗すべく作られた組織･ブルースワット。ショウ、サラ、シグの3人は資金集めをしていたエイリアンを倒すが、ブルースワットの基地は不破主任にインヴェードしたエイリアンによって壊滅状態になってしまった。
宇宙に向けて発信された怪電波。ブルースワット抹殺指名を受け、エイリアン軍団･スペースマフィアの総攻撃が始まった。孤独な戦いを強いられた3人の前に、最強最大のエイリアンが現れる。戦場はいま、修羅場と化した。
ブルーリサーチに飛び込んだ初めての依頼。それは、失踪した柔道家を捜して欲しいというものだった。だが、この事件にもエイリアンの影が。エイリアンの地球侵攻の目的、そして宝石強盗を追う新たなエイリアンの正体とは一体何なのか。
人間にインヴェードしながら逃げるエイリアン。街中に騒ぎが広がってしまう。そして、緑の血を流すシグの正体をめぐって、ショウとサラの銃口がシグに向けられた。果たして、仲間の処刑を企む非情なエイリアンをブルースワットは撃滅できるのか。
ブルースワットの前に強力なライバルが現れた。ショウをも凌ぐハイテクニックを持った謎の人物･鳥羽勝也。果たして、この男は敵なのか味方なのか。恐怖に襲われた街、そこで暴かれる秘密とは……。宿命の戦いへのカウントダウンが始まった。
サラが撃った、その弾道の先にはなんとシグが。深手を負い、戦線を離脱してしまったシグ。そして、罪の意識に苦悩するサラ。果たしてサラは立ち直り、迫り来るエイリアンに向かって再び引き金を引くことができるのか。
