突如現れたバジュラから逃げ遅れたランカ。アルトは無我夢中で墜落した「VF-25」に乗り、ランカを救出する。戦いの後、検査で軍病院に連行されたアルトは、私設軍事機関「S.M.S」の隊長であるオズマに連れられS.M.Sへ向かった。そこで初めて同級生のミハエル、後輩のルカも所属していたことを知る。自身の無力さを知り、S.M.Sへの参加を求めるアルトだったがオズマに手痛くあしらわれてしまった。

展望公園でランカとシェリルに再会したアルト。だが、再びフロンティアはバジュラに襲われ、とっさに3人は展望公園の待避壕へ逃げ込むも、中に閉じ込められてしまう。なんとかオズマたちS.M.Sがバジュラを撃退し、救出されるアルトたち。だが、戦いの中でオズマが負傷したことを知ったランカは倒れてしまう。オズマからランカの幼少期の秘密を聞いたアルトは、あらためて、バジュラの脅威から人々を守りたいと、S.M.Sへの入隊を志願する。

S.M.Sへの入隊を決意したアルトは、ミハエルたちにしごかれる毎日を送っていた。一方、アルトの助言によってミス・マクロスのオーディションを受けることにしたランカは、その予選を通過して最終選考で歌うことになった。そんなランカを見守るべく、最終選考が行われる会場に駆けつけたアルトだったが…。