1998年9月15日。駒木咲代子は日本帝国軍佐渡基地の戦術機部隊に着任する。僚機となる草野に基地を案内される中、この地に生きる人々の暮らしぶりを垣間見、国民に道を示せていないと嘆く…。そして、大規模なBETA群が佐渡島に迫るー

2001年10月22日。白銀武は目覚めると自分の部屋にいた。家を出ると見覚えのある廃墟と荒野が広がっていた。“あの日”に戻ったことを確信した武はある人物の元へ向かう。今度こそ人類を救うために――

2001年10月24日。再び訓練兵となった白銀武は、その体に刻まれた記憶を活かし、自分を知らぬ、かつての友の成長を促した。しかし、そのあまりに遅い歩みは、武の胸を焼く焦りを消すことはできなかった。何かを変えなければ世界は変わらない。白銀武は己の記憶を探り、香月夕呼に予言した。その日、多くの人々が命を落とす――

2001年11月24日。総合戦闘技術評価演習を優秀な成績でクリアした白銀武たちは、いよいよ戦術機操縦訓練へと移った。初めてのシミュレータで前人未到のスコアを叩き出す武。高く評価された武たちには訓練用の戦術機が充てがわれることとなった。そして訪れた格納庫で武は、この国で唯ひとつ――将軍専用の戦術機を目撃するのだった。

2001年11月28日。珠瀬壬姫の父親・珠瀬国連事務次官が横浜基地を訪れた。しかし、滅多に会えぬ父を喜ばせるため、壬姫は小さな嘘をしたためた手紙を送ってしまっていた。自己嫌悪に苛まれる壬姫を救うため、白銀武の極秘計画が発動する。

2001年12月1日。白銀武の「元の世界の自分に聞け」との言葉から着想を得た香月夕呼は、オルタネイティヴIVの鍵を握る数式を回収するために武を元の世界に戻す実験を行う。実験には武が社霞と同じ部屋で暮らすことも含まれていて――