ミラのマルチバース･アドベンチャー

16歳になったミラは、母エリスと激しい口論をする。そんな時、エリスをずっと追っていた工作員たちがやってくる。辛くも逃げ出したエリスは、ミラに誕生日プレゼントとして多元宇宙を旅する装置を残す。母のプレゼントを見つけたミラはよく分からないまま装置をいじるうちに、誤って別の世界へと旅立ってしまう。そして彼女の人生最大の冒険が始まる。

母からのメッセージを受け取ったミラは、元の世界で顔見知りだったピエーヒを見つける。奇妙な事故により、ピエーヒの意識は多元宇宙でバラバラになっていたのだ。さらに親友のジュリアナと同級生のヴィニシウスを見つけるが、彼らの様子がおかしい…。外見は同じだが、性格が違うのだ。元の世界へ戻るためには母親と連絡を取ることが必要だと感じたミラは、旧友（あるいは新しい友達？）の力を借りて、ある重要な物を取り戻さなければならなかった。

ミラたちは奪われた物を取り戻す計画を思いつく。ボリスが生徒から没収した物を保管している没収品室へ潜入したミラとジュリアナは、何とか目当ての物を取り戻したものの、中に閉じ込められてしまう。そして偶然、学園長のヴェロニカが誘拐されたことを知る。ようやく母エリスと短い会話をすることに成功したミラだったが、エリスはミラのいる世界が大きな危機にさらされており、すぐに元の世界へ戻るよう警告する。

ミラはジュリアナとヴィニシウスに、自分が彼らと同じ世界の住人ではないこと、そして工作員が母親を追っていることを告白する。ミラが秘密を打ち明けたことで、グループの新たな目標はエリスを見つけ出し、ミラと一緒に家へ帰れるようにすることになる。彼らはエリスが残した本を頼りに彼女の行方を捜すことにするが、そこには想像以上の情報が隠されていた。博識なヴィニシウスのおかげで本に書かれたメモを理解することができたミラたちは、ヴェロニカが工作員の真の目的について話しているのを耳にする。

全宇宙が危機に瀕しているという知らせにショックを受けるミラと仲間たちだったが、ミラは自分たちを助けてくれるのはエリスだと言って仲間たちを安心させる。そして人工虫を通してエリスとコンタクトを取ることに成功する。エリスは誘拐され、ヴェロニカのために働くことを余儀なくされていたが、隙を見てミラたちにメッセージを伝える。エリスが溶鉱炉を操作して工作員の計画を妨害する間に、彼らは銅のトンネルへ逃げなければならない。母親を助けに戻りたいミラだが、あまりに危険なため、部屋に閉じこもって最も安全な方法を探すことにする。

徹夜で学園の地図を分析したヴィニシウスは銅のトンネルを見つける。しかし、そこへの入り口が分からない。トンネルにいるミラⅡ（学園の世界のミラ）の写真を見つけたミラは、彼女なら助けてくれるのではと考える。一方、ユニバースⅠ（元の世界）では、ミラⅡとエリス Xが奇妙な新しい世界での生活を楽しんでいた。ジュリアナはミラを心配し、一緒に行く予定だったパーティーへ連れて行く。ミラⅡとつなげるようにミラから説得されたピエーヒは、苦労の末、何とか２人のミラをつなげることに成功する。