人間とロボットが共存する近未来。子供達の間では、「ロボトル」というメダロットを戦わせる競技が流行していた。イッキは、ふとしたきっかけでメダロットの頭脳となるレアメダルを拾い、“メタビー”というメダロットにめぐり合うことに。二人が、知恵・勇気・友情でロボットバトルに立ち向かっていく友情と成長の物語
エピソード1
うごけ! ポンコツメダロット
ある夜、メダルハンター・怪盗レトルトが、レアメダルを奪っていった…。イッキとアリカの学校の校庭では、スクリューズの親分・キクヒメと生徒会長のメダロットがロボットバトル・ロボトルを始めていた。メダロットを1台ももっていないイッキは偶然、川の中からメダルを拾った。そしてコンビニの店員・ヒカルから、初期型のメダロット・メタビーを売ってもらった。
エピソード2
逆襲のスクリューズ
やっと自分のメダロット・メタビーを持つことができたイッキだが、メタビーは、マスターであるイッキの言うことをきかない。イッキは、不良品だとヒカルに文句を言うが、メダロットとマスターの性格の不一致は、メダルに原因があるらしい。
エピソード3
男の夢は体力だ
ミスターマッスルと呼ばれるオトコヤマは、メダロットを目の敵にしている。ロボトルなんかやっている暇があったら体を鍛えろ!とばかりに、地獄のしごきを課す。ある日、イッキはテストでどうしようもない点数を取り、オトコヤマの楽しいクラブ活動に招待される…。
エピソード4
伝説のメダロッター
負け知らずのメダロットを操る、伝説のメダロッターが花園学園にいるらしい?という噂をアリカは聞きつけた。早速アリカは、どんな奴かを調べるため、イッキとメタビーとともに花園学園へ乗り込んだが…。
エピソード5
海よ今日もありがとう
メタビーを連れて、海へやって来たイッキとアリカ。海水が塩水であることを知らなかったメタビーは、錆びてしまうとイッキに文句を言い、ふたりはケンカになる。そこへ地元の3人組がやってきて、この海岸には怪物が出て危険だから、よそ者は帰れ!と言って去って行った。
エピソード6
宇宙人だロボ!!
特ダネを探して、ブラスと歩いていたアリカは、宇宙人を目撃。その証拠写真をイッキに見せるが、うそ臭いと信じてもらえない。そこで、アリカはメタビーをおとりにして、“宇宙人おとりホイホイ作戦”で、宇宙人を生け捕りにしようと考えた。