ウー先生の下で修行をつむニンジャたち―カイ、ジェイ、コール、ロイド、ゼン、ニャー。エレメント･マスターの子孫で特別な力を受け継ぐ6人のニンジャたちが、ニンジャゴーの世界を守るために敵と戦う!! 今回の新たな敵は、謎のサムライベノブレイムを率いる、邪悪なエレメント･マスター、クロックスとアクロニックス。彼ら双子は40数年前、ニンジャゴーの世界の征服を企み、ウー先生とガーマドンによって封印されたはずだったが…。時空をあやつるエレメント･パワーが秘められた、「時空の剣 (ときのつるぎ)」を使って、ニンジャたちを襲う。はたして6人のニンジャたちは、ニンジャゴーの世界を守れるか?