突如、東京を襲った大共鳴！ それを耳にした全都民が一瞬にして昏睡する。人々が目覚めると、東京は赤い霧に包まれてしまっていた。脱出を図る者もいたが、無事に赤い霧を通り抜けた者はなく、東京は陸の孤島と化してしまう。脱出不可能、影の孤島と化した東京！ それから五ヵ月後。たった一人最後の最後まで眠り続けていた大学生、神名千尋が目覚めたことで、凄絶なる紅蓮の伝説が幕を開ける！

世界を救いたければ、東京を破壊しなさい！ 予想もしなかったドゥクスの言葉に戸惑う千尋たち。だが、自分に関わるもの全てを破壊してしまう運命に絶望した千尋は、周りの忠告も聞き入れず、もてあました巨大な力を東京に叩きつける！ そんな中、戦っていた千尋と優羽莉は突如、謎の異空間に幽閉されてしまう。敵同士二人きりという状況で、意外にも優羽莉は……！

東京で謎の惨殺事件が頻発する中、犬樹が失踪してしまう。必死に捜す千尋たちだが、犬樹が裏切り者だという情報がもたらされる。何を信じていいのか分からなくなった千尋の前に現れる優羽莉。互いに斃さねばならない敵と知っていながら、言葉にし難い安らぎを感じてしまう二人……。一方、犬樹はひたすら破滅へと突き進んでいた。彼を救うために血晶武装する千尋。死闘の果てに待ち受けるものとは――！