趣味でヒーローを始めた男、サイタマ。その昔、就職活動をしていたある日、偶然出会った怪人から子供を救ったことをきっかけに小さい頃からの夢であったヒーローを目指した彼は、3年の特訓の後どんな敵をも一撃で倒す無敵の強さを手に入れた。しかし、憧れのヒーローとなり充実した毎日を送っているはずの彼は、その強さ故に常にワンパンチで決着がついてしまう戦いを繰り返すうち、次第に自らの圧倒的な力に対して物足りなさを感じるようになっていた。

獲物の血をミイラ化するまで吸い尽くす凶悪な蚊の大群がZ市に押し寄せた。蚊の群れを操っていたのは「進化の家」という謎の組織によって生み出された怪人モスキート娘。とそこへモスキート娘に立ち向かう一人の男が現れる。彼の名はジェノス。自らの身体を機械に変えて悪と戦う正義のサイボーグだ。モスキート娘との死闘の末に絶体絶命のピンチに陥ったジェノスは、たまたま通りかかったサイタマに命を救われる。数日後、命の恩人であるサイタマの元を突然訪ねたジェノスは彼に弟子入りを志願するのだった。

「進化の家」の刺客を返り討ちにしたサイタマとジェノスは、刺客の一人アーマードゴリラから組織に関する情報を聞き出した。進化の家の創設者であるジーナス博士は人類の人工的進化という危険な思想を掲げており、サイタマの強靭な肉体を研究に利用しようとしていたのだ。彼の企みを阻止するため、二人はその足で敵の本拠地へと向かう。一方、アーマードゴリラの通信によってそれを知ったジーナス博士は、二人を迎え撃つために進化の家の最終兵器を解き放とうとしていた。それは凶暴すぎるあまりにジーナス自身でさえコントロール不能な史上最凶の悪魔、阿修羅カブトだった。

桃源団を名乗るテロリストの一団がF市に現れた。構成員全員がスキンヘッドという異形の一団を率いるのは、バトルスーツに身を包んだ大男ハンマーヘッド。彼は「断固働きたくない」という自らの思想に共鳴する若者たちと共に、働かない者は働きたい者に養ってもらえる理想郷の実現を目指していた。まずは見せしめとして町一番の富豪であるゼニールの豪邸を破壊しようとする桃源団。そんな彼らの前にゼニールに雇われた用心棒の忍者、音速のソニックが立ち塞がる。一方、桃源団の存在をニュースで知り、髪型がかぶっているせいで自分もその一味だと思われることを危惧したサイタマも、桃源団を潰すために彼らの元へと向かっていた。

趣味でヒーローを始めて3年。自らの知名度の低さを思い知らされたサイタマは、プロのヒーローとして公式に活動していく決心をする。ジェノスと共にヒーロー認定試験会場に出向いたサイタマは、体力測定で次々と新記録を打ち立てるも筆記試験で壊滅的な成績を出し、結果はギリギリの合格。最低ランクであるC級ヒーローとして新たなスタートを切ることとなった。一方ジェノスは体力、筆記共に満点の合格。これまでの個人的な実績も考慮され、いきなりS級ヒーローに認定される。そしてこれを機に正式にサイタマに弟子入りしたジェノスは、サイタマに本気の手合わせを申し込むのだった…！

プロヒーローになって5日目。特にやることもなく自宅でゴロゴロしていたサイタマは、ジェノスから衝撃的な事実を知らされる。C級ヒーローには週に1度の活動報告ノルマがあり、それをこなせなければヒーローをクビになるというのだ。あわてて街へと繰り出し事件を探すサイタマだったが、そう都合よく怪人が出るわけもなく、刻一刻と期限が迫っていた。焦るサイタマの前に、彼をライバル視する音速のソニックが突然現れ、勝負を挑んでくる。事態をややこしく、そして悪化させるソニックに苛立つサイタマ。果たしてサイタマはヒーローの肩書を守ることができるのか!?