多くの淑女たちが集う「聖應女学院」。なんとそこへ、一人の少年が編入されることになった。名は宮小路瑞穂。祖父の遺言により男であるはずの彼が女学院に編入されることになってしまった。女の園である学び舎で生活を送るため、瑞穂は幼なじみの少女、御門まりやの手によって見事な女の子仕立て上げられてしまう。男であることがバレないかと気が気でない。教室へ案内され、クラスの生徒たちに紹介される瑞穂。女装がすぐバレるかと思いきや、逆に瑞穂のことを羨望の眼差しで見返してくるのだった。そして、寮の後輩たちとの挨拶を交わし、瑞穂「お姉さま」の複雑で波乱万丈な学院生活が始まった。果たして瑞穂は、これから無事に学院生活を過ごせるのか!?

瑞穂にとって、聖應女学院生活2日目となる朝がきた。多くの不安と疲れが残る瑞穂の前に、長い黒髪を持つ美少女が。彼女の名は十条紫苑。息を呑むほど 美しく、品格の良いその姿は、本物のお嬢様という雰囲気。そんな紫苑は、すでに瑞穂が男であることを見抜いていた。だが、紫苑は他の生徒には口外しないことを約束。そのおかげで瑞穂は女学院を過ごしやすくなった。違うクラスのまりやとは別に、隣の席に協力者がいるのは心強い瑞穂であった。しばらく後、学院内の噂話に聞き慣れない単語が含まれるようになった。その単語、「エルダー」。まりやや由佳里、そして奏もそのことで盛り上がっており、学院全体で何かが始まろうとしていた……。

噂する生徒たちが次々と口にする単語「エルダー」。それは、聖應女学院において生徒たちの手本となる最上級生のことを指すらしい。年に一度、選挙によって生徒から一名のみ選出され、エルダーとなった生徒は全校生徒から尊敬を込めて「お姉さま」と呼ばれるようになる。そのエルダー候補に瑞穂の名前が噂されはじめたのだ。とはいえ、エルダーになるためには得票数が全校生徒の75%も必要。学院に来て日が浅い瑞穂だったが、まりやが由佳里や奏たちとともにエルダー選挙の根回しを始めていた。そしてついに選挙結果発表の日。エルダー選挙の投票結果が告げられる。はたしてその結果は……!?

夜の学院寮で瑞穂とまりや、由佳里、奏の4人は怪談話をしていた。そのとき、奏はふと気付いたことがあった。学院寮内の生徒たちの部屋は南側にあるのに、瑞穂の部屋だけが北側にあった。まりやが言うには、瑞穂が女学院に編入したこと、その部屋を使うことは、彼の祖父の遺言だった。その次の日、奏が慌てた様子でやってきた。何でも、瑞穂の部屋は以前「開かずの部屋」と言われ、エルダーを慕う一人の少女が、瑞穂の部屋で悲しい死を遂げたらしい。それ以来「開かずの部屋」になったという。その話に訝しむ瑞穂だったが突然、瑞穂の部屋の家具が激しく揺れはじめる。一体、瑞穂の部屋で何が起ころうとしているのか……!?

学院寮の瑞穂の部屋に、幽霊の女の子・高島一子が突如現れた。今から22年前、生前慕っていたエルダーのお姉さまが瑞穂に似ているということで、瑞穂に思いきりなついてくる。最初は戸惑った瑞穂だが、ひとまず彼は自分の部屋でともに生活をすることになった。とはいえ瑞穂は、一子が慕うお姉さまそのものではない。しかもれっきとした男。そこで、一子との自己紹介を終えたまりやが彼女に対し、瑞穂が男であることを明かすも、だが、一子は感動して瑞穂にこう言った。「私をお嫁さんにしてください！」と。一子の願いは、あこがれのお姉さまのお嫁さんになること。もちろん女の子同士ではかなわぬ願いなのだが、お姉さまでなおかつ男でもある瑞穂は、一子の願いをかなえられる条件をもっていた。一方、幽霊が苦手な由佳里は、一子を怖がって近づけないでいた。

聖應女学院での生活にも慣れ、このまま何事もなく学院生活が続いていくのかと思いきや、また新たな問題が発生してしまう。季節は夏。夏といえばプール。プールといえば水着である。瑞穂はまりやの提案で、女の子の日を理由にプールの授業を見学することに。とはいえ、プールの授業は一度だけではないため、彼は繰り返し見学せざるを得なかった。そんな彼の様子が生徒会長の貴子の耳に入り「水泳の授業をさぼっている」と、瑞穂を問い詰める。しかし、居合わせたまりやとのやり取りで話は大きく逸れていく。過去の因縁により、対立関係にあるまりやと貴子。その2人が、今回の噂の発端である瑞穂そっちのけで口論となり水泳勝負をすることになってしまったのだ。