九州を旅する真理のもとに、父親から謎のツールが送られてきた。彼女はその謎を解くべく、東京に向かう。一方、東京では木場勇治が死から甦った。だがそれは、オルフェノクとしての人生の始まりだったのだ。東京に向かう途中でオルフェノクに襲われた真理は、偶然居合せた乾巧を仮面ライダーファイズに変身させる。

ファイズに変身した巧だが、ベルトにもオルフェノクにも興味を示さない。関心があるのは盗まれたバックのことだけなのだ。そんな巧に突っかかる真理。一方、東京では、怪物の姿に変貌した勇治がオルフェノクとしての自分の運命を知る。恋人を殺害したのが彼とも知らず、勇治に接近しようとする千恵だったが…。

勇治の前に現れたスマートレディは、「王の眠りは深い」と社長からのメッセージを伝える。一方、一緒に旅を続けることになった巧と真理の前に、底抜けに人のいい青年･啓太郎が現れる。その頃、東京では遠縁の家に預けられた1人の少女･結花が家族にも学友にもいじめられる毎日を過ごしていた…。

雪の中、歩道橋で転落した結花はオルフェノクとして覚醒した。一方、九州では、巧と真理に啓太郎が加わり、3人で旅を続けることに。啓太郎は結花に東京へ向かう旨をメールすると、結花から「早く会いたい」というメールが届く。一方、ベルトを追う赤井と緑川には、スマートレディからベルトの在り処を告げる電話が入った。

東京に到着した巧たちは真理の父に会うためスマートブレイン社に向かうが、アポが無いために会うことができない。一方、スマートブレイン社に迎えられた勇治と結花は、スマートレディから戸田という男を紹介される。戸田は2人に人間対オルフェノクの戦いについて教えるが、少々手荒な戸田の教育に勇治たちは衝撃を受ける。

目の前で灰となった戸田の姿に、オルフェノクの運命を知った勇治と結花。一方、海堂直也は自分の体の変調に最初は戸惑うが、オルフェノクの力で今まで自分をバカにしてきた連中を懲らしめにいく。真理と巧は再びスマートブレイン社に乗り込もうとするが、結花と啓太郎は互いがメル友とは知らずに偶然の出会いを果たす。