太陽圏開発を推し進めていた人類は、地球征服を企てるギシン皇帝ズールの妨害にあっていた。地球防衛を任務とするクラッシャー隊の明神タケルは、ギシン星侵攻が引き金となり、自分が17年前ギシン星から送り込まれた存在であることを知る。ガイヤーら六体のロボットを合体させて無敵のロボット・ゴッドマーズでギシン星の刺客に挑むタケル。だがそれは実の兄マーグとの悲しい戦いの始まりであった。