散逸した御刀の調査蒐集を主な任務とする赤羽刀調査隊。そこに所属する安桜美炎は、隊の仲間と共に職務と鍛錬に励む日々を送っていた。『年の瀬の大災厄』から数か月後のある日 そんな時、療養中の鈴本葉菜の補充要員として、新多弘名という刀使が入隊する。一方、折神紫の命を受けて江ノ島に出向いた衛藤可奈美と十条姫和は、人型の荒魂と遭遇。交戦となるも、隙をつかれて逃げられてしまう。刀使たちに人型荒魂の捜索命令が下り、美炎たち調査隊も任務にあたるが……

人型の荒魂コヒメは、美炎たち赤羽刀調査隊の面々と過ごす中で、人間に対して心を開くようになっていた。しかし「刀使は荒魂を斬って祓うことを使命とする」という事実を突きつけられ、再び心を閉ざしてしまう。刀使と荒魂は敵対している――そのことに思い悩むコヒメと、そんな彼女を心配する美炎たち。ある日、調査隊が荒魂討伐の任務に赴いている中、コヒメは折神家の施設を抜け出して美炎たちの元へ向かうが……。