人間を捕獲し続ける堕天翅族に対抗する組織、地球再生機構ディーバ。そこではエレメントと呼ばれる子供たちが、アクエリオン搭乗者となるべく特訓を受けていた。エレメントのピエールとシルヴィアは、救世主・太陽の翼を探しに氷の街に向かう。だが、ターゲットの少年アポロは獣のようなストリートチルドレンだった…。

氷の街で親友のバロンを堕天翅族に連れ去られてしまった少年アポロは、何者かに導かれるようにソーラーアクエリオンに合体、一撃でケルビム兵を粉砕する。一方、合体はできたものの、収穫獣の攻撃を受け合体を解かれてしまった麗花は、その戦闘で重態に陥ってしまったグレンに対し責任を感じるのであった。そしてまた、アクエリオンの復活によって、堕天翅族の前衛指揮官トーマも1万2千年の永き眠りから目覚める…。

ディーバに新しいエレメント候補生がやってきた。つぐみとジュンである。彼らを加えたエレメント候補生たちは合体シミュレーターでの訓練を行う。しかし、アポロとシルヴィアの呼吸は合わず、つぐみとジュンも極度の緊張で実力を発揮できないまま、訓練は不審な爆発によって中止してしまう。訓練後、捕らわれた親友バロンのことを思い、シミュレーターにひとり残るアポロに対し、ソフィアは“パートナーシップ”について語る。

眠りから目覚めた頭翅は最長老・夜翅に対し、太陽の翼の力を用いて生命の樹を進化させ、堕天翅族の新たな世界を生み出すことを提案する。一方、ディーバでは不動の「裸足になれ！」との一喝のもと、不可解な特訓が始まる。不動は足跡を一瞥しただけでエレメントたちの心理や弱点を読みとってしまうのだ。訓練後、不動のからくりを明かそうとするシルヴィアとアポロのもとにリーナが現れ、不動を“天地を貫く光の柱”と例える。

アポロは堕天翅族に連れ去られた親友バロンを助け出すため、単身アトランディアに乗り込むことを決意し、寄宿舎を抜け出す。不動はエレメント候補生たちに、アポロの追跡を特訓として命ずる。行き先はディーバ基地の地下。そこは巨大な地下迷宮となっていたのだ。次々と脱落していってしまう候補生たち。そんな中、シリウス、ピエール、麗花、シルヴィアがアポロに迫る…。

不動はエレメント候補生たちに、遠く離れた場所にいる相手に自らの魂のイメージを届け、振り向かせる特訓を命ずる。しかし、なかなかアポロたちの想いは思うように届かない。距離が遠すぎるのだ。不動は「距離も時間も人の心の迷いが生み出す幻」とアポロたちに説く。そんな中、頭翅は近くに見えて届かない「月」の力をケルビム兵に授け、アポロたちに襲いかかる。