真夜中のコナン、始まる…。主人公は「黒ずくめの組織」によってアポトキシン4869を飲まされ、江戸川コナンとなる前の高校生探偵･工藤新一。高校生の工藤新一が活躍するのは、小学生のコナンがいてはいけない、夜の街。原作の設定やキャラクターを生かしつつ、ニューヒーロー･工藤新一が不可能殺人の謎に挑む。危険な人間関係がうごめく夜の街を舞台に、“大人のためのコナン” が始まる。