慶長5（1600）年、作州吉野郷宮本村の若者・新免武蔵（木村拓哉）は立身出世を夢見て、足軽として関ヶ原の戦いに参戦した。幼なじみの本位田又八（ユースケ・サンタマリア）と共に西軍に組したが、およそ18万人が入り乱れる戦場で、誰が敵で味方なのかもわからない。そんな混乱の場で、武蔵は東軍の中のひとりの男の戦いぶりに目を奪われる。流水のごとく美しい剣さばきを見せるその男こそ、終生の好敵手となる若き日の佐々木小次郎（沢村一樹）だった…。西軍は惨敗したものの関ヶ原の戦いを生き抜いた武蔵は、又八の無事を彼の母・お杉（倍賞美津子）に知らせるため、関所を破って故郷・宮本村に帰還する。又八はお通（真木よう子）という許嫁がいながらも、逃走中に出会った妖艶な女・お甲（高岡早紀）に惑わされ、お甲と彼女の娘・朱実（夏帆）と共に姿をくらましたのだ。(C)テレビ朝日

ついに対決の時を迎え、吉岡道場の当主・吉岡清十郎（松田翔太）と三十三間堂で対峙した宮本武蔵（木村拓哉）。一瞬の隙をつき、清十郎とその弟・伝七郎（青木崇高）を討ち破り、本阿弥光悦（森本レオ）が待つ遊郭に何食わぬ顔で戻る。師を奪われ、恨みをたぎらせる吉岡の門下生たちは遊郭を出た武蔵を取り囲むが、殺気立つ彼らをたしなめたのは、たまたま通りかかった佐々木小次郎（沢村一樹）だった。小次郎の仲裁により、武蔵と吉岡一門の決闘は翌朝の寅の刻、一乗寺下り松で行われることとなった。だが、果し合いとは名ばかりで、復讐に燃える吉岡の門弟たちは一門を上げて武蔵を亡き者にしようと策をめぐらせていた。約束の朝、「行かないで」とすがるお通（真木よう子）を振り切り、一乗寺に向かった武蔵。小次郎が見届ける中、たったひとりで総勢76人の吉岡一門に斬りかかるが…!?(C)テレビ朝日