天上ウテナは、凛々しく素敵な男装の少女。幼い頃、失意の自分を勇気づけてくれた「王子様」の言葉を信じて、彼女は生きてきた。「もしも、君が気高い思いを失わなければ、いつか再会できる」。友人の若葉の出したラブレターがきっかけで、ウテナは、生徒会副会長の西園寺と決闘することになってしまった。誘われるままに学園裏の「決闘の森」に足を踏み入れた彼女を待っていたのは、見たこともない不思議な世界。巨大な螺旋階段の上に広がる決闘場と、天から逆さまにぶら下がった城。そして、西園寺に寄り添う「薔薇の花嫁」と呼ばれる謎の美少女、姫宮アンシー。西園寺の剣が光る。「世界を革命する力」をめぐる、物語の始まりである。