時は戦国時代。戦乱によって親を亡くした獅子丸・沙織・小助の三人は、日本最高の忍者・果心居士によって飛騨の山にて育てられてきた。しかい、日本を戦乱と憎しみの坩堝に陥れようと企む大魔王ゴースンの使者オロチが果心居士を襲う...。

獅子丸の前に一人の女性が、金砂地の太刀を売ってくれと現れた。マシュラ山に棲む怪人ヤマワロ童子がその女の赤ん坊をさらい、脅していたのだ...。

獅子丸たちの行く手を山焼きがふさぐ。それらは彼らを森中へ追いやろうとする怪しい浪人たちの仕業であった。気付かれたとみるや一味は彼らに攻撃を仕掛けるが...。

果心居士の弟子のひとり・久兵衛は強力な火薬を開発し、その製法を獅子丸に託そうと彼の到着を待っていた。だがそこに怪人ムササビアンが突如現れ...。

怪人オボは虚無僧装束に身を包み、怪人ドキと怪人ツララを従えて隣国へ向かう密使を待ち構えていた。その目的は密書を奪い、戦争を起こすことであった...。