どこにでもいる普通の女子高生・宮下アキ、牛丸ミク、白銀レイカの3人。彼女たちは不思議な招待状に呼び出されて「GIRLS」という組織を訪れる。そこで待ち受けていたのはピグモンと名乗る女の子であった。

GIRLSの指導係・ピグモンから、自分たちが「怪獣娘」であることを知らされたアキたち。変身のキーとなるデバイス「ソウルライザー」も支給されるが、そう簡単に変身できるはずもなく……。

怪獣娘へ変身できるようになったミクラス（ミク）、ウインダム（レイカ）。アキは自分だけが変身できないことに焦りを覚えていた。そんな中、アキは最強の怪獣娘・ゼットンに出会う。

立派な怪獣娘になるため、見習いとしてGIRLSの仕事を手伝うことになったアギラ（アキ）たち。しかし、初めての仕事は街角でのチラシ配りという激しく地味なものだった。

久しぶりの休日。アギラはミクラス、ウインダムに連れられて初めて原宿へ遊びに行くことに。ところ変わっても大怪獣ファイトの話ばかりしているミクラスに近づく怪獣娘の姿があった。

アギラたちは、ピグモンから正規のGIRLS隊員になるためのテストがあることを知らされる。怪獣娘としてどんな進路を選ぶのか。何を目標にするのか。3人はそれぞれに思いを巡らせる。