文久3年2月23日､234名からなる浪士隊が京都郊外､壬生に着いた｡この浪士隊は､攘夷を叫ぶ勤王派の浪士たちに手を焼いた幕府が､将軍家茂の上洛に備えて募集したもの｡浪士隊の中には近藤勇(平幹二朗)､土方歳三(古谷一行)､沖田総司(草刈正雄)らの顔も揃った｡浪士隊結成の黒幕は清河八郎(中谷一郎)｡彼の真意は､この隊を朝廷の親兵へとすることだった｡ 京都に着いて20日後の3月13日､浪士隊は突如江戸へ引返すことになる｡だが近藤は､将軍の命令がなければ京都を去るわけにはいかないと､清河らと袂を分かつ｡こうして近藤派と､芹沢鴨(高松英郎)一派の13名が壬生に残留し､新選組が誕生した｡

江戸に戻った清河八郎(中谷一郎)が暗殺された｡その頃､京都守護職預かりとなった新選組は壬生に屯所を置き､次第に隊士も増えていった｡隊の幹部は局長に芹沢鴨(高松英郎)､近藤勇(平幹二朗)､新見錦(睦五郎)｡副長に土方歳三(古谷一行)､山南敬助(高橋長英)､副長助勤に沖田総司(草刈正雄)ら8人が決定する｡芹沢鴨が豪商をゆすって得た金で､隊士の羽織と"誠"と染めた隊旗もできた｡さらに芹沢は､借金を取り立てにきた菱屋の愛人･お梅(中村玉緒)を手込めにしてしまう｡ そんな折､沖田(草刈正雄)は新選組を嫌う医者の娘･すみ(竹下景子)と親しくなっていく｡

近藤(平幹二朗)は､芹沢(高松英郎)の乱行を見兼ねた会津藩から､彼を始末するよう示唆された｡それを聞いて､土方(古谷一行)は､すぐにも芹沢を切るように近藤に勧めた｡だが､近藤はためらっていた｡そんなこととは知らず､芹沢はお梅(中村玉緒)に金を出させて酒を飲んでいた｡ 一方､沖田(草刈正雄)は､すみ(竹下景子)の父･玄沢(浅野新治郎)の診察を受け労咳(結核)だと宣告される｡玄沢は沖田に､すみに会わないよう頼むのだった｡その後､新選組隊士をねぎらう宴会で､芹沢から｢会津の狗だ｣とののしられた近藤は､ついに意を決し･･･｡

芹沢(高松英郎)の一派を粛清し､近藤(平幹二朗)を中心に新たな組織として発足した新選組に､別の問題が生じてきた｡それは若い隊士たちの女性問題であった｡土方(古谷一行)は改めて､隊士たちに身を引き締めるよう命じる｡ 隊士の佐々木愛次郎(志垣太郎)には､夫婦の約束をしているあぐり(井原千寿子)という娘がいた｡あぐりに横恋慕していた佐伯亦三郎(風間杜夫)は土方に､佐々木とあぐりの件を注進する｡土方は2人の仲を認めるが､嫉妬に狂った佐伯は､2人に土方が許さぬと言ったと嘘をつく｡

新選組は､近藤(平幹二朗)を中心に結束を固めていた｡大阪西町奉行所は新選組に市中の取締りを依頼｡土方(古谷一行)は､大阪の商人から費用を調達しようとするが､何故か全て断わられてしまう｡不審に思った土方は､その原因を探るため探索方を大阪に派遣｡新選組嫌いの西町奉行所与力･内山彦次郎(林与一)が新選組への資金調達の邪魔をしていることを突き止める｡ 一方､労咳(結核)と診断された沖田(草刈正雄)は､愛を告白するすみ(竹下景子)を避けていて･･･｡