謎の敵UEに故郷を襲われ、孤児となったフリットは、ノーラの連邦軍基地で育てられた。フリットは母から授かったAGEデバイスの中の設計図を元に救世主と呼ばれたMS『ガンダム』を作り上げる。そんな時、ノーラはUEの襲撃を受け、フリットは、ガンダムを起動する…!
UEの攻撃を受けて崩壊していくノーラ。司令官ブルーザーは、住民たちの避難を急ぐ。フリットもまた、ガンダムを動かしコロニーを脱出しようとするが、逃げ遅れた少女を発見する。少女を救い宇宙へと出るフリットに、UEが襲いかかる! そして、ついにAGEシステムの力が発動する…。
ノ−ラ崩壊のタイムリミットが迫る。逃げ遅れた少女をガンダムに乗せ、宇宙に出たフリットだったが、そこで新たな黒いモビルスーツ型の敵に遭遇する。一方、グルーデックは艦長として、ディーヴァによってコロニーコアを制御して、多くの人々を崩壊から救う作戦を決行するが…。
ディーヴァは新たなコロニー『ファーデーン』を目指す。その時、ヒーリングスリープから、エースパイロットのウルフが目覚める。『白い狼』という異名を持つ彼は、白いMSは自分が乗るべきだと主張、フリットにガンダムを賭けた模擬戦を挑む…。
ファーデーンに入港するディーヴァ。幾度かの戦闘を経験し、フリットはもっと強くなりたいと願う。ファーデーンで出会った少年デシルをディーヴァに招くフリットだったが、デシルには意外な思惑があった。襲い来るUE。しかし、出撃したガンダムに乗っていたのは…!?
ファーデーンの街で起こった戦闘に巻き込まれ、フリットとエミリーは地下階層へと避難する。そこで出会ったイワークという男から、街が二つの勢力に別れて抗争を繰り返していることを聞く。そんな時、戦闘が続く地上に迷い込むイワークの娘リリア。助けに行くイワークだったが、そこにUEが現れる…。
豊永利行
フリット・アスノ
坂東尚樹
Vargas Dyson
大畑伸太郎
ディケ・ガンヘイル/ウットビット・ガンヘイル
バルガス・ダイソン
東地宏樹
グルーデック・エイノア