西暦2050年。地球は異星生命体インビットの攻撃を受け、人類はその占領下に置かれてしまった。30年後、火星コロニーにて軍備を固めた人類は地球奪還作戦を行うが、再び大敗を喫してしまう。一人生き残った青年兵士スティックは、地上で出会った地球生まれの青年レイら新たな仲間たちと共に、敵の拠点である「レフレックス・ポイント」を目指す。