警視庁特捜科の刑事、神崎ケンは、大企業・財前コンツェルンのパーティー護衛に当たっていた。だが、そこに財前親子の暗殺を狙うロボットが現れる。ケンは財前会長の一人息子である純を救うが重体に陥る。だが、その勇敢な行動を見出され、サイボーグ捜査官・メタルジャックとして復帰する。

神崎ケンと共にメタルジャックとなったレーサーのアグリ亮、プロレスラーの豪田剛だったが、警察への協力には否定的だった。その不満の矛先はケンに向けられる。だが、2人を信じるケンはジャックブレスを渡す。そんななか、東京では国際平和サミットが行われようとしていた。

ケンの妹・神崎さゆりが東京にやってきた。危険な刑事を辞めて一緒に帰ろうと言う。そんな2人がいる新宿駅地下街で異変が起きた。停電とガス漏れによる爆発。地上に避難しようとするが、ケンとさゆりは閉じ込められてしまった。妹がいる前ではスーツアップできないケンは……。

明け方の超高層ビルで火災が起きた。だが、これはテロ組織による示威行為であり正午までに現金200億円を用意しなければ、既に東京都内の「とある超高層ビル」にセットしてある同型の爆弾を起動させるという。ケンは捜索に当たり、爆弾を見つける。だが、それは囮の爆弾だった。

AI研究センターにあるプログラムが、イドに狙われた。出動したメタルジャックだが、取り逃がしてしまう。醍醐司令は3人がメタルアーマーの性能を充分に引き出していないと指摘。それを聞き、訓練に励むケンと亮だったが、剛だけは素直にその言葉を聞けなかった。

財前純の手術を控え、輸送中の血液が事故で喪失された。純の血液は1万人に1人という珍しいタイプ。偶然にもケンは同じ血液型のため、献血を名乗り出る。醍醐司令はサイボーグの身体であるケンにとっては献血が命にかかわると警告。だが、ケンは純のため献血に踏み切る。