私立銀成学園高校。ごく普通の高校生活を送っていた武藤カズキは、ある晩怪物に襲われていた少女を助けようとして、命を落としてしまう。しかし、その少女･津村斗貴子に錬金術研究の成果である「核鉄 (かくがね)」を埋め込まれることによって命を救われる。同時に、唯一無二の武装錬金「ランス (突撃槍)」の力を手に入れたカズキは、人を喰らう怪物･ホムンクルスの存在を知り、戦いの世界に足を踏み込む。次々にあらわる奇怪な強敵との戦いの中で、カズキは錬金の戦士として成長していく。そして、カズキに埋め込まれた「核鉄」の真の力とは…!?