「この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上！」 入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体「SOS団」が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。