刑事･桐生葵 (中村アン) は、東京郊外にある望野町の警察署に着任。葵のバディとなった望野署の刑事･香坂慧 (横山裕) は、なぜ彼女が望野署に来たのか不審に思い、探り始める。望野町は葵の故郷で、16年前に連続殺人が起こった町。当時高校生だった葵は、同級生の不破翔 (細田善彦) の妹･玲の遺体を発見した。遺体の口にはビー玉が詰め込まれていた。葵の父が連続殺人犯として逮捕され、留置所内で病死。葵は、父の無実を証明するために望野町に戻ってきたのだった。葵は、同級生で映像研究部の仲間だった尾藤恵 (佐津川愛美)、天草勇樹 (森永悠希)、飛鳥桃 (織田梨沙) と再会。そんな中、望野署に女子高生が失踪したという連絡が入る。彼女の足取りを追ううち、手がかりとして見つかったのは16年前の事件を思わせるビー玉で――!?

葵 (中村アン) は、口にビー玉を詰められた梅崎若菜 (向里祐香) の遺体を発見。香坂 (横山裕) をはじめ、捜査第一係の面々は、16年前の事件の模倣犯だと考えるが、葵は反論する。そんな中、恵 (佐津川愛美) と天草 (森永悠希)、桃 (織田梨沙) ら同級生たちから、葵は16年前のある真実を聞くことに――!? その後、梅崎若菜殺害事件の直後に現場近くを立ち去る男の存在が判明。防犯カメラの映像に映ったその姿は、不破 (細田善彦) によく似ていた。葵と香坂は、不破と若菜の接点を調べる。関係者の証言から、不破への疑いはさらに強まるが――!?

葵 (中村アン) は、梅崎若菜 (向里祐香) 殺害の真相と「16年前の連続殺人犯は自分だ」と自供した不破 (細田善彦) の真意を考える。不破が自供した様子を撮影した動画がネットで拡散され、望野署に報道陣が殺到する。そんな中、葵は報道陣に対して、「16年前の事件を調べ直す」と宣言する。葵が、当時の捜査資料を調べる一方、香坂 (横山裕) は、監視カメラで、葵の動きを警戒し見張っていた。葵と香坂は、不破と若菜がよく一緒に来ていたバーを訪ねる。バーの店主から、不破が若菜に「妹は、俺が殺した……」と話していたことを知る葵と香坂。それでも不破の犯行とは思えない葵。葵の推理を聞いた香坂は、思いがけないことを告げる――。

葵 (中村アン) は香坂 (横山裕) とともに、若菜 (向里祐香) が殺害された日、彼女と会っていた尾藤誠 (井上肇) を問い詰める。恵 (佐津川愛美) から葵に、16年前、不破翔 (細田善彦) の妹が殺害された時のある真実が告げられる。信じていた父への疑惑が生まれ、混乱する葵。一方、梅崎若菜殺害事件は不破が犯人と断定され、捜査終了が決まる。葵は、恵の家を訪ね、再び恵から父の話を聞こうとする。2人が話している間に、恵の娘･志歩の姿が見えなくなる。葵と恵が必死に志歩を探していると、志歩を誘拐した犯人から脅迫電話がかかってくる。恵に対する犯人の要求は「お前ら家族に告げる。16年前の連続殺人事件の真相を告白し、謝罪しろ」というもの……新たな事件が起きる。

尾藤 (井上肇) の遺体を見た葵 (中村アン) は、16年前に不破翔 (細田善彦) の妹の遺体を発見した時の記憶がフラッシュバックする。捜査第一係では、恵 (佐津川愛美) の娘を誘拐した犯人の捜査を進めていた。香坂 (横山裕) は、誘拐犯の要求から16年前の事件の関係者だと主張する。そんな中、16年前の連続殺人犯の娘が身元を詐称して警察官になった、と葵を告発する記事が出回る。葵は一条から、事態が落ち着くまで自宅謹慎を命じられる……

16年前と同じ殺害場所で、ビー玉を口に詰められた女性の遺体を発見した葵 (中村アン) は、連続殺人が再開されたと確信する。望野署に、“連続殺人事件･捜査本部”が立ち上がる。捜査第一係には、一条 (岡部たかし) に代わり、警視庁からやって来た矢吹 (永岡佑) が赴任する。16年前の事件の犯人と同一人物の可能性が高いという見立てで、捜査は進められる。香坂 (横山裕) は、この犯人による被害者が他にもいる可能性を示唆する。被害者が最後に電話をした相手が桃 (織田梨沙) と判明し、葵と香坂は、桃の事情聴取を行う。その中で、葵は桃の言動に違和感を持ち、問い詰める。連続殺人事件に関する匿名の通報が入り、葵たちが通報のあった場所に向かうと……!