クェイサー。それは、女性から聖乳＜ソーマ＞と呼ばれる生体エネルギーを得ることで、特定元素を自在に操る特殊能力者。聖ミハイロフ学園に通う織部まふゆと山辺燈は、クラスでいじめに遭っていた。戸惑いや悲しみを胸に秘め、それでも笑顔を絶やさない燈に、まふゆは自分が燈を守らなければという思いを強くする。そんな彼女たちの前に、ある日、サーシャという謎の少年が現れる。その出会いが全ての始まりだった。まふゆはその夜、マグネシウムを操る敵のクェイサーに襲われてしまい…!?

黄金のクェイサー。彼はオーリャに手をかけ、サーシャに復讐心を植えつけた最強の敵。彼との邂逅を果たしたサーシャは、幼い頃の夢にうなされる。そんなサーシャを癒すのは燈だ。オーリャに似た優しい雰囲気に、サーシャは唯一心を許す。サーシャとの共同生活は、慌しくも楽しい日々。まふゆは彼の非常識な言動に振り回されつつも、次第に昔の笑顔を取り戻していく。一方、美由梨と華は、新たな留学生であるカーチャを迎え入れる。その妖精のような容貌に、華の心はかき乱され…。

テレサ＝ベリア。サーシャのマリアとして戦闘時は常に付き従っているが、普段の生活や生い立ちは全て謎に包まれている。彼女はどんな子なの？ そう尋ねるまふゆに、サーシャは興味が無いと言い放つ。彼にとっては、聖乳＜ソーマ＞を得るための存在にすぎないのだ。異端のクェイサーたちが集う組織アデプトから、新たな敵のクェイサーが送り込まれる。アデプト12使徒のガス・チェンバー、塩素を操る浄化者クロアだ。その排除を命じられたサーシャたちだったが、因縁の相手を前にテレサが立ちすくんでしまう。

クェイサーたちが探し求める伝説の聖像（イコン）「サルイ・スーの生神女」。その隠し場所は誰も知らない。差し押さえられた山辺の別荘を調べるため、辻堂家主催ロシア秘宝展の間、コンパニオンガールとして働くことになったまふゆたち。美由梨は、燈やサーシャまでもを従わせることが出来てご満悦。そんな彼女を、おバカさんねと笑うカーチャ。そこへ、幻の美術品アナスタシア・エッグを狙い、ゲリラたちが襲いかかってきた！