３年間オランダ医学を学び江戸に戻った保本登（中村蒼）は、許婚に駆け落ちされ失意の中、「赤ひげ」こと新出去定（船越英一郎）が医長の貧困者のための医療所「小石川養生所」で働くことに。保本は医者らしかぬ赤ひげの傲慢な態度に不快感を感じる。養生所の座敷牢で、２人の男を殺めたおゆみ（宮澤美保） という気うつ症の患者が閉じ込められて居たが、ある夜、おゆみが脱走する…。[TAIG](C)NHK／ホリプロ

素性のわからない老人（山本學）が養生所に運び込まれた。一方、長屋に住むおくに（田畑智子）は盗みをはたらいた亭主を更生させようと奉行所に訴え出るが、逆に収監されてしまう。おくには、子供たちを別れた父の宿泊先に向かわせるが、宿主（村松利史）はそのような人は居ないと一蹴。赤ひげ（船越英一郎）と保本登（中村蒼）は宿主の話から、養生所にいる老人がおくにの父と確信。おくに救出へと向かう。[TAIG](C)NHK／ホリプロ

労咳（ろうがい）を患う佐八（鶴見辰吾）は、誰に頼まれた訳でもないのに長屋の修理をするなど周囲から仏様のような人と言われていた。そんな佐八を見て、赤ひげ（船越英一郎）は何か理由があるはずと疑問を抱く。そして、保本登（中村蒼）と森半太夫（古舘佑太郎）に佐八の治療を任せる。保本たちの思いと裏腹に、佐八は病気を治そうとしなかった。いよいよという時、佐八は恋女房・おなか（宮本真希）との切ない物語を話しだす。[TAIG](C)NHK／ホリプロ

兄弟のように育った藤吉（駿河太郎）と猪之助（木村了）。二人はともに腕ききの大工。藤吉が所帯を持った頃から猪之助に変化が現れた。女を好きになってはうまくいきそうになると振ってしまう。そんなことを繰り返し、次第に仕事も手につかなくなったという。猪之助の治療を始めるが、保本登（中村蒼）には、猪之助が怠けているだけのように映るが、赤ひげ（船越英一郎）の見立ては違っていた。[TAIG](C)NHK／ホリプロ

肺病の芸者が養生所へ逃げてきた。原因確認のため、赤ひげ（船越英一郎）と保本登（中村蒼）が岡場所へ乗り込む。しかし、病人などはいないとおかみは一蹴。帰り道、赤ひげと保本は何者かに襲われる。しかし、赤ひげの強さに暴漢は退散、その際、一味の男・栄二（小柳友）にけがをさせてしまう。連れ帰り手当てをする中、心を開いた栄二は、赤ひげたちを襲った訳を話す。[TAIG](C)NHK／ホリプロ

極貧生活を送る夫婦と三人の子供。夫は頭を打ってから発作のため働くことができなくなり、家計は妻・おふみ（星野真里）の内職で得るわずかな給金に頼るのみ。家族を助けようと長男が盗みをはたらいてしまう。生きていく希望を失ったおふみは一家心中を図る。養生所に運び込まれた一家は虫の息。赤ひげ（船越英一郎）たちの懸命な治療にもかかわらず、夫が、幼い娘が、目の前でこと切れていく…。[TAIG](C)NHK／ホリプロ