ある朝、月島中央署管轄内で女性の遺体が見つかった。身元を証明するものはすべて抜き取られていたが、遺留品の中にあった万年筆に彫られていた「N.SHIMADA」という文字を見た糸村聡 (上川隆也) は、それが被害者の名前ではないかとにらむ。さらに、被害者の鞄の中にあった「鳥のブローチ」に興味を引かれた糸村は、出所を探るために単独捜査を開始。そんな中、万年筆に病院で使われる消毒液が付着していたことが判明する。さっそく糸村は聞き込みのため、管轄内の大病院･愛聖総合病院へ。

ある事件の遺留品を遺族に届けるため、千葉県木更津市へやって来た月島中央署の刑事･糸村聡 (上川隆也) は、タイヤの軋む音と銃撃音を耳にする。異常事態を察し、現場に駆けつけた糸村は、あと一歩のところで間に合わず、何者かが大学教授の森末敬一郎 (原田大二郎) を拉致し、車で逃走するのを目撃する。放置された森末の車に駆け寄り、助手席の女子大生を保護する糸村。そのとき、ある落としものが彼の目に留まる。それは東京～長崎間の寝台特急の指定席券。乗車指定日は22年前だが、なぜか未使用のままだった…。

月島中央署管内にあるスタジオで、まるでロケット噴射のような勢いを伴う爆発事件が起きた。現場の状況から、タバコの不完全燃焼が原因で一酸化炭素ガスが充満した部屋のドアを開け、一気に酸素が流れ込んだことで起きた爆発―つまり、「バックドラフト現象」によるものだとみなされ、同件は事故として処理される。その傍らで、糸村聡 (上川隆也) は現場に散らばっていた破片に興味を示す。破片をつなぎ合わせると…それは三日月模様があしらわれた香炉だった! 気になった糸村は香炉を持って、警視庁科捜研の係官･村木繁 (甲本雅裕) のもとへ。鑑定の結果、火災との因果関係は見受けられなかったが、香炉に付着していた“あるもの”が糸村の心にどうも引っかかり…。

月島中央署の刑事･糸村聡 (上川隆也) はひょんなことから、国土交通大臣･長峰泰造 (石橋蓮司) の古希パーティーに出席することに。会場で出会った泰造の孫･光太 (鈴木福) が持っている“黒いヒーローのフィギュア”に興味を示す。その矢先、事件が起きた! 光太がトイレに行ったまま、姿を消したのだ。懸命に行方を探す糸村、そして長峰家の運転手･一ノ瀬誠 (北村有起哉)。だが、見つかったのは非情にも、光太を誘拐した旨を告げる手紙だった…。

非番の日、滝行ツアーに参加した佐倉路花 (戸田恵子) は、偶然にも滝つぼから浮かび上がった修験道者の水死体を発見する。遺体は死後1カ月ほど経過しており、被害者は何者かに絞殺された後、川の上流で遺棄され、下流まで流された末に滝つぼの底の流木に引っかかり、しばらく水中に沈んでいたようだ。現場に駆け付けた糸村聡 (上川隆也) は、遺体が背負っていた葛籠の中に鳥の羽が1本だけ入っていたと聞き、その奇妙な遺留品に興味を抱く。

世界的な指揮者･姫野剛志 (村上淳) が結成したオーケストラのコンサート会場で、男性の遺体が発見された。被害者は、倉庫会社の社員･小野寺悠人 (藤本隆宏)。コンサートが終了した直後、何者かに非常階段から突き落とされた上、消火器で頭部を殴られ殺害されたようだった。奇しくも姫野と幼なじみの特別捜査対策室室長･桧山亘 (段田安則) が来場していたこともあり、特対メンバーが急行。臨場した糸村聡 (上川隆也) は小野寺のカバンの中にあった、鮮やかな和紙で作られた折り鶴が気になる。それは1枚の折り紙で折られた大小の鶴がつながった、“連鶴”だった。小野寺は、なぜこんなものを持っていたのだろうか…。