西暦2100年、世界はコンピュータ・ネットワーク「ワールド・リンク」によって一つに結ばれた。ダイバーランドに住む小学生、結城ケントは、ネット内に作られたテーマパーク「マジカルゲート」でいつものように遊んでいたが、ゲートは謎のプログラム・デリトロスに侵略され、子供たちが閉じ込められてしまう。その中にはケントの弟のカイトも含まれていた。なんとか現実世界に逃げ帰ったケントに対し、ゲートの守護プログラム「グラディオン」は、子供たちを助け出すため、ウェブダイバーとなって共に戦おうと提案するのであった。

謎のプログラム、デリトロスが今度はダイバーランドの送電システムのプログラムに侵入し、街中の電気が落ちてしまう。一方、子供達の意識によって全てが自在に変化する世界であるマジカルゲート内で、マジカルステーションが対デリトロス用の基地に変化する。世界を護り、捕らわれた子供達を助け出そうとするケントの決意により戦う砦に変化したのだ。助けを求めるケントの弟・カイトと友達の救出にケントは急ぐが。

プログラム以上の能力を発揮するグラディオンに驚きを隠せないデリトロスは、今度はマジカルゲートにウェブナイト・ジャガオンを送りこむ。街中が爆風に襲われるものの、フランス人の友人・ジャンに元気付けられたケントは、グラディオンとともにジャガオンを倒すためにダイブする。段々とシンクロのコツをつかんでくるケント。しかし、敵のウェブナイト達が、デリトロスに侵略される前はマジカルゲートを守るグラディオンと仲間だったことを知ったケントは動揺してしまう。

ダイバーランドの海岸や街のあちこちで、凶暴化した魚が人々を襲う事件が発生する。ケントとアオイは、マジカルゲートに閉じこめられたクラスメイト・コウジの父親の海洋学者・桜庭博士の研究所へ行き、原因を突き止めることに成功する。博士はそれを元に開発したシールド装置を設置しようと潜水艇で海底にもぐるが、凶暴化したサメに襲われる。そんな中、侵略エリアを突き止めたグラディオンから連絡が入り、ケントはマジカルゲートへダイブする。サメ型のウェブナイト・シャークオンの攻撃に苦戦するグラディオンは、グランブレードを使おうとする。だが、シャークオンの中に生命反応が！なんとシャークオンに合体していたのはクラスメイトのコウジだった！

夜中にトイレに起きたケントは空飛ぶヨットを目撃する。次の日は自宅学習日。誕生日にカイトがくれたペンを見て、カイト救出の決意を新たにするケントだったが、突然部屋の中のものが宙を舞い始める。家の外でも洗濯機や電話ボックスが空を飛んでいたが、やがてそれらはミサイルとなってケントやアオイを襲い始める。カイトがくれたペンのおかげでミサイルから逃れたケントは、マジカルゲートにダイブする。原因はウェブナイト・グリフィオンであった。カイトの友達・マモルを取り込んだグリフィオンの攻撃は速すぎてよけることが出来ない。グリフィオンにとどめをさされかけたその時、ケントはグラディオンにある作戦を提案する。はたしてそれは！！

デリトロスより、待望のグラディオン攻撃命令がガリューンに下された！過去の戦闘記録を分析すると、グラディオンには以前みられなかった戦闘パターンがあることに気づく。これは「結城ケント」というウェブダイバーがいるからだと知ったガリューン。一方、コウジとマモルをマジカルゲートから無事現実の世界へと助けだしたケントは有頂天になる。しかし、アオイはグラディオンが独りで友達を戦い倒さなければいけないことに悲しく思う。それに気づいたケントはグラディオンに謝りにマジカルゲートへ。その後、ダイバーランドでは空中に電光竜が現われ、稲妻を街中に発射し町はパニックになる。落雷の衝撃で一時的にケントは強制転送され現実世界に戻ってしまうが、アオイがグラディオンのためにつくったお守りを胸に再度プラグイット！グラディオンの親友であったガリューンに立ち向かうのだが！