近未来。地球環境が劣悪を極めた中に設立された、海上超国家組織「青」。各国は協力して自国の潜水艦を「青」へ派遣させることになった。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となっていた。だがそんな折、海洋開発のリーダーである天才科学者ゾーンダイクが海洋テロ結社を築き、人類せん滅を宣言した。