麻帆良学園は町全体が学校施設の学園都市。新学期初日、中等部の2年に進級した神楽坂明日菜は、憧れの高畑先生が担任になってくれるよう、朝も早よから恋のおまじない。ところが、通学途中で不思議な子供に「失恋の相が出てる」と絡まれるわ、犬猿の仲の雪広あやかは同じクラスだわで、新学期は波乱のスタート。その上、担任教師として現れたのは、何と朝のガキんちょだった!?

お子ちゃま先生ネギが超常現象を起こす場面を見てしまった明日菜。ネギは、修行のため学園に赴任してきた見習い魔法使いだったのだ。魔法で明日菜の記憶を消そうとするネギだが、間違えてパンツを消してしまい、「正体を知られたくなかったら…」と逆に脅される始末。赴任初日から失敗続きのネギだが、何故か学園長の言いつけで明日菜と木乃香の部屋に同居することに？

女子寮での生活が始まったネギだが、クシャミしたはずみで制服を消してしまったり、明日菜の心証は悪くなる一方。その反面、男性恐怖症の宮崎のどかは、ネギに不思議とホッとする気持ちを抱いていた。高畑が好きな明日菜のために、ホレ薬を調合するネギ。ところが、魔法を信用していない明日菜は、「だったらアンタが飲みなさいよ！」と、ネギ自身にホレ薬を飲ませてしまった！

魔法使いであるネギにはパートナーとなる人物が要るんじゃないか、という話に尾ひれがつき、「ネギは結婚相手を探すため日本へきた」ということになってしまった。さらにイタズラ者のオコジョ精霊・カモが「パートナー探しを手伝いにきた」と現れた。一方的に周りで騒がれ、ネギは迷惑千番。ところがカモはネギを憎からず思っているのどかに目をつけ、何やら勝手な悪巧みを…？

佐々木まき絵が、桜通りで行き倒れている所を発見された。もしや満月の晩に現れるという吸血鬼のしわざ？と、生徒たちは騒然となる。眠るまき絵から微かな魔力を感じ取るネギ。未知の魔法使いが学園内に…ネギの不安は的中、今度はのどかが襲われた。駆けつけたネギが出会ったのは、2-Aの生徒、エヴァンジェリン。ネギの父と何やら因縁があるらしいエヴァの狙いは？