あの大破壊から数年後。傷ついた体を癒すため、身を隠していた慎一の心に、1人の少女の叫びが響く。彼女は一体何者なのか？ 慎一との運命的な出会い、それが神と魔獣たちの壮絶な戦いの新たな幕開けとなることを誰も知る由もなかった…。

慎一と亜矢可の間に何かあると感じた富三郎は、彼女の秘密を暴くためジェイムズ博士の病院に乗り込んだ。そこで富三郎は、亜矢可が慎一をおびき寄せるために彼の万能細胞を植えつけられていたことを知る…！

恐竜人間たちに囚われてしまった亜矢可。彼女を救うべく、慎一と恐竜人間たちとの壮絶な闘いが始まった…!!

亜矢可の安全のため、富三郎の故郷に身を隠す慎一たち。そこでその村に伝わる黄金像を目にする。その黄金像の姿は…!!

敵の罠にはまり囚われていた慎一。無数の注射器が慎一から血液を抜き取っていく。ロックウェル博士はそこから真理阿の血を再現し、神を復活させようとしていた…。

研究所の爆発から1人逃れたロックウェル博士は、ある場所へ向かう。一方、戦いを終え村に戻った慎一たちだが、そこで彼らを待ちうけていたものはなんと国防軍機甲兵士だった…。