平和な日常に、突如、暗雲が立ち込める。美しい宝石の国「クリスタリア」を侵略した闇の帝国「ヨドンヘイム」が、次のターゲットとして地球にやってきたのだ。ヨドン軍に立ち向かうため、不思議なパワーを秘めた美しい宝石「キラメイストーン」に選ばれた戦士、射水為朝 (木原瑠生)、速見瀬奈 (新條由芽)、押切時雨 (水石亜飛夢)、大治小夜 (工藤美桜)、4人のキラメイジャーが出動する。その戦いの様子を見ていた高校生･熱田充瑠 (小宮璃央) に、赤いキラメイストーンが反応。キラメイジャーの最後の一人かと思われたが、充瑠は人違いだと拒否し…。

熱田充瑠 (小宮璃央) が加わり、5人そろったキラメイジャー。充瑠は、キラメイジャーをサポートする博多南無鈴 (古坂大魔王) からキラメイジャーの“リーダー”を任されるが…。そんな中、遊園地に邪面師ラグビー邪面が出現し、ボール爆弾で周囲を破壊し始める。キラメイジャーが応戦するが、大会に出場中の速見瀬奈 (新條由芽) は参戦せず、ラグビー邪面を逃がしてしまう。キラメイジャーは5人がひとつにならなければいけない。充瑠はリーダーとしての資質を問われ…。

イケメンアクション俳優の時雨 (水石亜飛夢) の美学は、男のやせ我慢。クールにさらりとすごいことをやりたいのだ。そんな中、万力で人々の頭を締め付けるマンリキ邪面が出現。キラメイジャーが応戦するが、戦いの中、時雨は頭に万力をはめられてしまう。小夜 (工藤美桜) の診察によると、万力の締め付けで頭蓋骨が歪み、かなり食い込んでいる。相当痛いはずだが、時雨はクールな表情を崩さない。充瑠 (小宮璃央) たちは、なんとか万力を外そうとするが…。

街に黒いキラメイストーンが出現。心当たりのあるマブシーナは、キラメイジャーとともに現場に駆けつける。すると、黒いキラメイストーンが変形し、クリスタリアの王室専用列車に。これはオラディン王以外は生み出せないはずだが…。街に突っ込む前になんとか止まった王室専用列車の中から、マブシーナの叔父ガルザが現れる。ガルザは、オラディン王を手にかけ、クリスタリアをヨドン軍に差し出した反逆者。マブシーナは憎しみを露わにするが、ガルザは誤解だといい…。

eスポーツチームのリーダーとして、メンバーを引っ張る為朝 (木原瑠生)。ショベローは、キラメイジャーのリーダーが為朝ではなく充瑠 (小宮璃央) なのが納得いかないようだ。そんな中、スティック操作で何でも操るジョイスティック邪面が出現。キラメイジャーが駆けつけるが、時雨 (水石亜飛夢) が操られ、4人に斬りかかってくる。キラメイジャーはキラメイベースに戻り、ジョイスティック邪面に対抗するため作戦を練る。完璧に分析し的確な指示を出す為朝こそがリーダーにふさわしいと考えたショベローは、地球で見つかったキラメイストーンをこっそり掘り出すことに。

天才外科医の小夜 (工藤美桜) は、神のような手さばきで博多南 (古坂大魔王) の親戚の手術を成功させる。そんな中、写真に撮った人々をモニターの中に取り込むデジタルカメラ邪面が出現。戦いの中、瀬奈 (新條由芽) と時雨 (水石亜飛夢) が写真に撮られモニターの中へ。さらに、魔進ジョーキーに吹っ飛ばされた小夜は、記憶喪失により5才から今までの記憶をなくしてしまう。5才になってしまった小夜は、今の姿からは想像ができないくらい泣き虫で…。