CGにより幕末を体験できる次世代型博物館・大江戸幕末巡回展を訪れた六合鴇時は、妖の鵺に襲われ、江戸時代幕末に似てはいるが、人と妖が存在する異世界“あまつき”に飛ばされてしまう。鵺から鴇時を救ってくれた少女・朽葉や、2年も前に飛ばされていた同級生・篠ノ女紺と出会い、元の世界へ戻る方法を探す鴇時が知る使命とは―。