警視庁捜査一課に「特別犯罪対策室」が新設され、室長に警部の大澤絵里子（天海祐希）が抜擢される。絵里子は大学卒業後、警視庁に入庁。将来を嘱望されながらも、突然、アメリカに留学。5年間をFBIなどで学び、帰国したばかりだった。 絵里子の同期で参事官補佐の野立信次郎（竹野内豊）は、警視庁に集まった記者に、「特別犯罪対策室」が科学捜査などの専門的捜査で凶悪犯罪に対応していくチームであると明かす。 絵里子は「特別犯罪対策室」に配属となった刑事と対面する。ところが集まったのは、朝起きられない木元真実（戸田恵梨香）、あまりにクールな片桐琢磨（玉山鉄二）、へらへらとして気弱そうな山村啓輔（温水洋一）、やる気マンマンの花形一平（溝端淳平）、強面で横柄な岩井善治（ケンドーコバヤシ）と、風変わりな人物ばかり。 そんな中、身元不明の焼死体が発見されたと一報が入り、絵里子は真実らを連れて現場へ。死亡した男性は、上半身だけが丸こげで片腕が折れているという異状死だった。科学捜査研究所の鑑識官兼監察医の奈良橋玲子（吉瀬美智子）は、死因が心臓麻痺で、胸部に爆発時に発生する化学合成物質が付着していたと報告する。絵里子たちが捜査を進めるうち、凶器が爆弾であり、今回と同じ手口の事件が最近、起こっていることもわかる。そんな中、捜査線上に化学薬品工場を営む野垣泰造（武田鉄矢）が浮上してきて・・・。

大澤絵里子（天海祐希）は、部下の花形一平（溝端淳平）から犯罪系のサイトに、人を殺したと書き込む人物がいると聞く。この人物は、自らを“神”と称し、殺害したとする3人の名前、住所、遺体写真まで公開しているが、その中に、絵里子たちの管轄で起きた刺殺事件の被害者の女子大生の情報があった。また、別の2件も実在の事件であることから、絵里子は連続殺人を疑う。絵里子は木元真実（戸田恵梨香）、片桐琢磨（玉山鉄二）、山村啓輔（温水洋一）、花形、岩井善治（ケンドーコバヤシ）に、別の2件の洗い直しを指示すると、真実を連れて女子大生の遺体発見現場へ向かう。心臓をひと突きにされた女子大生を見た絵里子は、手慣れた者の犯行だと想像。しかし、真実は凶器の角度から、被害者が自分で刺したとしか思えないと言う。その頃、“神”がやったとする変死事件を調べていた科捜研の奈良橋玲子（吉瀬美智子）は、事件は事故だと断定。別の水死事件を追っていた山村、岩井も、それが事故だったと報告する。そんな折、“神”が逮捕される。これで事件は解決かと思われるが・・・

大澤絵里子（天海祐希）は、女性誌『エピソード』の読者モデルが連続して暴行された事件を担当する。野立信次郎（竹野内豊）は、新たな被害者を出さないため、ほかのモデルに刑事を付けて警戒していると言う。が、そんな矢先、再び事件が起きてしまう。3人目の被害者・樋口ゆかり（酒井若菜）は重傷ではないが、精神的なショックを受けていた。状況を察した絵里子は、警護のため木元真実（戸田恵梨香）を病室に残す。絵里子は、片桐琢磨（玉山鉄二）、山村啓輔（温水洋一）、花形一平（溝端淳平）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）ら、「特別犯罪対策室」の刑事に、事件の経緯を説明した。いずれも、ナイフで脅され、手錠と猿ぐつわをされて暴行されていた。現場にはその手錠などの遺留品が残されていたが指紋は検出されなかった。そんな中、野立が三上という男の情報を持ってくる。三上はモデルたちの行きつけの店の店員で、素行も悪く覚せい剤での逮捕歴もあるという。ところが後日、三上の死体が発見される。現場に向かった絵里子は、鑑識から、三上が自殺した可能性が高いと聞かされる。事実、発見現場からは遺書らしきメモと死因となった塩化カリウムを打った注射器が残されていた。対策室に戻った絵里子は、事件は落着したと安堵する刑事たちに、三上は他殺だと言い放つ。科捜研の奈良橋玲子（吉瀬美智子）も、三上が手足を縛られた上、薬剤を注射され死亡したとの見解を示す。絵里子は、第1の犯行と、第2、第3犯行における相違点を指摘し、別の暴行犯の存在を推測する。

大澤絵里子（天海祐希）ら「特別犯罪対策室」のメンバーは、小学生を対象にした防犯キャンペーンを任され、その一環として、防犯をテーマにした寸劇を上演する。野立信次郎（竹野内豊）ら警察上層部も見に来る中、絵里子、木元真実（戸田恵梨香）、山村啓輔（温水洋一）は扮装して舞台に立ち、片桐琢磨（玉山鉄二）、花形一平（溝端淳平）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）は舞台の袖から成り行きを見守っていた。そんな中、もともと渋っていた真実がやる気を失い、舞台を降りようとする。絵里子は、子供たちが見ている前で真実を叱責するが、結局、真実は舞台を降りてしまう。翌日、真実は対策室にメールを送り付けただけで欠勤。怒った絵里子は、真実をクビにすると言う。そんな噂は、真実の元上司で科捜研の奈良橋玲子（吉瀬美智子）の耳にも入る。そんな折、若い男性が頭部と腹部に銃弾を撃ち込まれて死亡する事件が起こる。現場に向かった絵里子は、残った血の一部が記号のように見えることが気にかかる。翌日、再び男性の射殺事件が起こる。今回も、頭部と腹部に銃弾が撃ち込まれていた。そして、血で書かれた「4」という文字があった。対策室に戻った絵里子は、最初の現場で見つけた血の跡も「4」であると発見。明確なメッセージを残したのは恨みによる殺人だからで、「4」とは４人を殺すことを意味している、との見解を明かす。

大澤絵里子（天海祐希）は、救出に向かった先に木元真実（戸田恵梨香）がいなかったこと、犯人が現場に残したと思われる数字が以前の「4」から「5」に変わっていたことにとまどいを隠せない。そんな中、野立信次郎（竹野内豊）が対策室に飛び込んできて、パソコンを見ろ、と言う。画面には、手足を縛られ監禁されている真実の姿がライブ映像として映し出されていた。それを見た絵里子、片桐琢磨（玉山鉄二）、山村啓輔（温水洋一）、花形一平（溝端淳平）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）は息をのむ。事態が世間の知るところとなり、絵里子は、丹波博久（光石研）から責められていた。そんなとき、絵里子の携帯が鳴る。相手は真実を誘拐した男（山田孝之）で、3時間以内に5億円を用意しろと言う。絵里子は、奈良橋玲子（吉瀬美智子）や対策室のメンバーに指示を与え、監禁場所の特定と男の身元の割り出しを急ぐ。そこへ、再び男から絵里子にアクセスが・・・。

大澤絵里子（天海祐希）は、英明女子学院の教師殺害事件を担当する。死亡したのは体育教師・増岡剛で、頭部に打撃を受けていた。現場に凶器など一切の遺留品がないのを見た絵里子は、犯人は頭がキレ、几帳面で粘着質な性格だと推測。対策室の木元真実（戸田恵梨香）、山村啓輔（温水洋一）、片桐琢磨（玉山鉄二）、花形一平（溝端淳平）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）らに捜査の指示を出すと、英明女子学院へ向かう。学校の入り口で女子高生・石原由貴（志田未来）と会った絵里子は、自分を瞬時に刑事だと見抜いた由貴が気にかかる。そんな中、かつて増岡と交際していたという由貴に、絵里子は事件当夜の行動を尋ねる。由貴は塾の自習室にいたと言うが、アリバイは証明されない。関係者の中で、唯一アリバイが証明できない由貴。絵里子は、野立信次郎（竹野内豊）の承諾を得て、由貴を取り調べる。 同じ頃、増岡の同僚の教師・二宮奈津子（西山繭子）の自宅付近から、凶器が発見され・・・。