マスター・チェンとの戦いの前のもう1つの戦い・・。その舞台は最先端技術が発達したニンジャゴーシティ。ニンジャたちは、コンピューターを操る新たな敵、「オーバー卿」からニンジャゴーの世界を守って欲しいと、天才科学者サイラス・ボーグから電脳の剣を託される。それはオーバー卿に対抗できる唯一の武器だった！オーバー卿の狙いは、伝説のニンジャ、ロイドのエレメント・パワーを得て実体を取り戻すこと。ニンジャたちはそれを防ぐため、ロイドと電脳の剣を街の外へと逃がす。 4人のニンジャたちとニャーは、ニンジャゴーシティを停電させオーバー卿の動きを一時的に止めるため、変電所へと向かう。しかし、変電所には多くのニンドロイドたちがニンジャたちを待ち受けていた・・・。

ニンジャゴーの世界はこれまで何度となく、悪の手によって脅かされてきた。しかしそのたびに、平和を守ってきた5人のニンジャがいる。その5人の名は、カイ、ロイド、コール、ジェイ、ゼン。スピン術マスターであるウー先生のもと、固い絆で結ばれた5人だったが、 先の戦いで、ゼンがみんなを守るため犠牲になってしまった。大事な仲間を失い、悲しみに暮れている4人のもとに、新たな脅威が忍び寄ろうとしていた。

様々な特殊能力、エレメントパワーを持つ謎めいた面々とともに島に辿り着いた4人のニンジャたち。 そこには、ガーマドン先生の過去を知る男クラウズやエレメント・トーナメントの主催者マスター・チェンが不敵な笑みを浮かべて待ち受けていた。 エレメント・トーナメントで生き残るのは勝者ただ一人だと宣言するマスター・チェン。しかしこのトーナメントには隠された目的が・・・。

ニャーがニンジャたちの捜そう索さくに動うごき出だしていたころ、最さい初しょのバトルを勝かち抜ぬいたニンジャたち4人にんには新あらたな危き機きが待まち受うけていた。次つぎの戦たたかいは１対たい１のガチンコバトル。マスター・チェンによって仕し組くまれた対たい戦せんカードは、いよいよニンジャ同どう士しの戦たたかいを強しいる！その頃ころ、マスター・チェンの島しまの地ち下かに閉とじ込こめられていたゼンが、目めを覚さまそうとしていた・・・

ニンジャゴーの世界はこれまで何度となく、悪の手によって脅かされてきた。その5人の名は、カイ、ロイド、コール、ジェイ、ゼン。スピン術マスターであるウー先生のもと、固い絆で結ばれた5人だったが、先の戦いで、ゼンがみんなを守るため犠牲になってしまった。 大事な仲間を失い、悲しみに暮れている4人のもとに、新たな脅威が忍び寄ろうとしていた。

戦いを通して結束を強め始めたエレメント・マスターたちだったが、マスター・チェンはまたも挑戦者たちを引き裂く策略を用意していた。 挑戦者のなかに、マスター・チェンが送り込んだスパイがいるという噂が。お互いを疑い、敵対してしまう挑戦者たち。更に、島に潜入したニャーにも危機が迫る！そして地下に落とされたコールが動き出す。果たしてコールはゼンを救い出し、自らも脱出することが出来るのか？