「バグズ2号」の惨劇から20年…地球では火星より飛来した未知のAEウイルスが猛威をふるっていた。AEウイルスのワクチンを作るには、火星へ向かい、ウイルスのサンプルを入手する必要がある。「テラフォーマー」の攻撃をくぐりぬけて…。20年前の生存者、小町小吉を艦長としたクル―は、大型宇宙船「アネックス1号」に乗り、人類の存亡を懸けて、火星へと飛ぶ。予想だにしないアクシデント、交差する各国の陰謀、更なる進化を遂げたテラフォーマー…。再び火星で繰り広げられる、極限サバイバル。新たなる人体改造―MO手術―を引っ提げて、万物の霊長と害虫の王が、種の存続を懸けて戦う。