東綾瀬高校1年生の山本洋子は、学園内のスポーツ助っ人稼業に忙しい毎日を送っていた。そんな洋子を悲しそうに見つめる松明屋紅葉。実は二人は、30世紀の未来で宇宙戦艦に乗って戦う仲間だったのだが、洋子は事故で未来の記憶を失ってしまっていたのだ。その頃、開かずの間と呼ばれる用具室で、人影が目撃されるという事件の調査に乗り出した洋子は、突如発生した眩い輝きに包まれ、30世紀へと転送される。そして記憶を失ったまま、宇宙戦艦のパイロットとしてミッションに臨むことになるが…。

洋子に「格闘戦艦」というゲームの大会への参加を誘われた綾乃だったが、彼女はかつて試合相手を負傷させてしまった経験から、試合恐怖症になっていた。迷いながらも訓練を開始する綾乃。だが綾乃は、どうしても最終ステージをクリアすることができない。昔、洋子からもらった勇気を思い出し、恐怖心を克服した綾乃を、試合会場へと連れていく洋子。そこは30世紀の未来だった。洋子は自分たちのチームに綾乃をスカウトしたのだ。AT-27のパイロットとなった綾乃は見事初陣を飾ることができるのか？

まどかは、ついに洋子たちの秘密を突き止める。そして自分も戦艦のパイロットを志願するが、初めて体験する宇宙での行動にまどかはパニックに。だが、洋子にできることが私にできないわけはないと、まどかは一念発起。必死の特訓を開始した。没頭し過ぎて一度は授業中に倒れてしまったほど。数日後、無人艦相手の模擬戦が行われることになった。まどかは、特訓の成果を見せることができるのか？

晴れて四人揃った洋子たちのチームは、初めての四人制の公式ミッションに出ることになった。相手はライルのチーム。寸暇を惜しんで訓練に励むライルたちの姿を見、洋子以外の三人は不安を覚える。洋子は一計を案じて、三人の怒りをかき立て、やる気を出させようとするのだった。そしてついに初戦を迎える洋子たちだが…？

洋子たちの次の相手は、レッドスナッパーズという四姉妹に決まった。戦いを前に、ルージュは洋子たちを挑発する。さらにルージュは、勝利への強い決意を自らに課すかのように、戦艦の転送装置を解除するのだった。戦いが始まる。レッドスナッパーズの連携プレーの前に、洋子たちは劣勢を強いられる。だがルージュが転送装置を解除していることを知ったスナッパーズの上官フーリガーは、戦いを中止させる。

チームのスポンサー窓口であるサコマから、敗戦へのクレームをつけられた洋子は、そのままエスタナトレーヒを去った。また、敗戦の原因をまどかたちに転嫁したことで、三人との関係も気まずくなってしまう。洋子は一人、ささくれだった心を癒す旅に出た。そして自らの非を認めた洋子は、綾乃に電話をかけて…。