フロイトに傾倒する研修医のマックス･リーバーマンがウィーン警察のオスカル･ラインハルト警部と殺人事件の捜査に挑む。被害者は女性霊能者で状況から超常現象が疑われる中、被害者の妊娠が判明。その後、被害者の男友達オットー･ブラウンが拘束され、ブラウンは被害者と共に詐欺を働いていたことは認める。マックスは奇術の心得がある人物が自らの評判を守るために殺人を犯したと考える。そんな中、クリムトの展覧会を訪れたマックスは会場で取り乱した若い英国人女性を患者として保護する。

オットー･ブラウンが釈放される一方で、犯人像に確信を強めるマックスとオスカル。その頃、マックスは英国人女性アメリアの症状の原因究明に尽力していたが、フロイトに傾倒していることで指導医と対立。マックスの姉はマックスがアメリアに対して医師と患者以上の感情があると疑い牽制する。そんな中、釈放後に殺されたブラウンのメモからオスカルが降霊会の参加者を突き止める。その中に市長の支援者がいたことから苦戦するが、ウィーンの大観覧車の中でついに犯人とマックスが対峙する。

クララとの婚約パーティーの席で事件の知らせを受け、マックスは警部と現場へ向かう。殺された娼婦の手には十字架が握られていた。十字架の持ち主が逮捕されるがマックスは犯人は別にいると考える。逮捕で色めき立つ警察を尻目にマックスは真犯人の目星を付けるが、そこに第2の事件が起きる。殺人現場に残されたルーン文字は、マックスの父が友人から渡されたチラシに描かれていたものと一致した。チラシを描いた画家を訪ねると、その晩に開かれる作品展示会に絵の依頼主が一堂に会すると言う。

マックスは“根源たる火の同胞”のメンバーの中に犯人がいると考えるが確証は得られない。さらに殺人事件が起き、現場には例のルーン文字が残されていた。マックスはオペラ「魔笛」になぞらえて殺人事件が起きていることに気づく。それを聞いたクララは真相を突き止めようと作品展示会で知り合ったハフナー中尉を自宅に招くが、襲われかけたところをマックスに助けられる。決闘の場でハフナーが放ったひと言に、マックスは真犯人が誰か、さらにはオスカル警部に危険が迫っていることを知る。

マックスの甥、ダニエルが自傷行為を行う。そのためマックスとオスカルがダニエルの在籍する士官学校を訪れると学生が死亡していたことが分かり2人は関連を確信。協力者が少ない中、寮の舎監ランクだけが協力する。この学校のOBでもある元の捜査担当ビューローは、ろくな捜査もせずに事故として処理していた。2人の捜査が進むと死んだ学生と同じ火傷痕がある学生がいると判明。死んだ学生は暴行を受けて逃走を図ったという事実を知った2人は殺人事件として捜査を開始する。

マックスとオスカルは被害者の姉の話を元に絵を探しに行き、副校長ベッカーの娘をモデルにした肖像がを発見。その後、ダニエルの暗号を祈りの言葉から解読したマックスは、この学校の闇の儀式の全容をつかんでいく。一方、ダニエルの告白から死んだ学生は殺されたのではなく、発作のような症状で死んだことが判明。毒物を吸わされていた事実をアメリアが暴き、マックスとオスカルはその毒物を仕込んだ人物を追い詰める。事件解決後も困難が立ちはだかっていたが、2人は着実に絆を深めていく。