帝国軍の襲撃によって村と両親を失った姉妹、苻 殷(ふ いん)と苻 寧(ふ ねい)。二人は村々を回る旅芸人で生計を立てていた。旅の途中姉の殷は偶然数百年間置き去りにされていた『天書(てんしょ)』を手にする。太白軍の攻撃に出くわした姉妹は、天書から現れた不思議な少女『雲(ゆん)』と、伝説の剣『軒轅剣(けんえんけん)』で太白軍を撃退する。姉妹の幼馴染みの少年蒲 釗(ぷ しょう)は太白の奴隷となっていたが、機関術の才能を見出され帝国内での地位を得る。成果を上げた釗は上将軍となって戦場におもむくようになる。反抗軍に加わった殷と寧の姉妹。争いに疑問を感じながら妹をかばって戦う殷と、自立をあせって戦いたがる寧は気持ちがすれ違っていた。戦いの中敵同士として相対した時、互いに死んだと思っていた３人の運命の歯車が大きく回転する。©ソフトスター・軒轅剣製作委員会