찰스 자비에와 에릭 렌셔가 프로페서 X와 매그니토가 되기 전의 이야기. 그들은 진한 우정을 나누며 다른 돌연변이들과 함께 사상 최강의 위협을 막기 위해 싸운다. 그 과정에서 둘 사이에 균열이 생기고 매그니토의 브라더후드와 프로페서 X의 엑스맨들 사이에 끝나지 않는 전쟁이 시작된다.