지우와 피카츄는 포켓몬 마스터가 되기 위한 모험 도중 성검사 포켓몬 코바르온, 테라키온, 비리디온의 후계자 케르디오를 우연히 마주하고, 위험에 처한 그를 구해준다. 한편 세 마리의 성스러운 포켓몬이 강력한 공격력을 가진 드래곤 포켓몬 큐레무의 위협에 시달린다는 것을 알게 된 두 친구는 케르디오와 함께 포켓몬 세계의 질서를 되찾고자 한다.