시공간을 왜곡할 수 있는 포켓몬 펄기아와 디아루가, 이들 사이의 전투는 알라모스 마을에까지 영향을 미친다. 포켓몬 대회를 위해 알라모스 마을을 찾은 애쉬와 친구들은 앨리스와 토니오의 도움으로 사악한 포켓몬 다크라이와 맞서 싸울 준비를 한다.