방사능에 노출되어 사람의 형태와 지능을 얻은 네 마리의 거북이들은 하수구에 살며 뉴욕의 평화를 위협하는 범죄로부터 도시를 지키기 위해 고군분투한다. 죽을 뻔 한 기자 에이프릴의 목숨을 살린 닌자 거북이들은 매스컴에 노출되어 시민들의 영웅으로 떠오르고, 이들을 지켜보던 범죄 조직단 더 풋은 닌자 거북이들을 몰살하기 위해 최후의 공격을 준비한다.