인공 지능을 연구하던 전우주라는 소년이 건물에서 추락하는 사건이 발생한다. 이후 가상현실 게임 코쿤의 시연회에 초대받은 코난과 친구들이 게임을 하던 중 노아의 방주라는 인공지능 소프트웨어가 나타나 시스템을 점령하고, 게임을 하던 어린이들의 목숨을 건 게임을 제안한다. 코난은 모두의 목숨을 구하기 위해 셜록 홈즈가 활약하던 영국을 배경으로 한 게임 속에서 살인마 잭 더 리퍼를 추적한다.