일본에서 전 세계인이 기대하는 월드 스포츠 게임 개최를 앞두고 행사의 공식 후원사 대표들이 납치당하는 사건이 일어난다. 코난은 이번 사건이 15년 전 보스턴에서 일어났던 사건과 유사하다는 사실을 알아내고, FBI와 슈이치, 모리 탐정과 함께 진실을 밝히고 범인을 잡기 위해 고군분투한다.