뉴욕 시민들이 사랑하는 히어로 스파이더맨으로 거듭 난 피터 파커는 어느 날 수수께끼의 유기체인 심비오트에 감염된다. 피터는 한층 강력해진 힘을 얻지만 어딘가 사악한 기운이 감돈다. 검은 슈트를 입고 블랙 스파이더맨이 된 그는 자신의 새로운 힘에 도취되어 자꾸만 어긋나는 행동을 한다. 한편, 피터에게 아버지의 복수를 하기 위해 뉴 고블린이 된 해리와 피터의 삼촌을 살해한 샌드맨이 스파이더맨을 노리기 시작한다.