‘애플시드’를 사수하고 인류의 미래를 구하라! 서기 2131년. 우량종 복제인간 바이오로이드와 인간이 공존하는 최첨단 미래도시 ‘올림포스’. 평화로운 겉모습과는 달리 행정부를 장악한 바이오로이드로부터 권력을 되찾고자 하는 인간들의 반란은 본격화된다. 그리고 이를 지켜보던 원로들은 ‘애플시드’ 프로그램의 봉인을 해제하기로 결정하는데…