오래전 일그러진 성배전쟁 중 마토 사쿠라는 자신의 죄와 함께 끝없는 어둠에 갇히게 된다. 한편 소년 에미야 시로는 사쿠라를 끝까지 지키겠다고 맹세하니 그는 그녀를 구하고자 토오사카 린과 함께 성배전쟁을 마무리 지으러 죽기 살기로 전투에 참여한다.